署及其他附属机构 |
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| 行政院卫生署署长 | 杨志良（2009年8月6日 – 2011年2月9日） → 邱文达（2011年2月9日 – 2013年7月22日） |
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| 行政院环境保护署署长 | 沈世宏（2008年5月20日 –2014年3月2日 ） |
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| 行政院海岸巡防署署长 | 王进旺（2008年5月20日 –2014年12月7日 ） |
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| 行政院经济建设委员会主任委员 | 蔡勋雄（2009年9月10日 – 2010年5月20日） → 刘忆如（2010年5月20日 – 2012年2月6日） |
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| 行政院大陆委员会主任委员 | 赖幸媛（2008年5月20日 – 2012年9月28日） |
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| 行政院国军退除役官兵辅导委员会主任委员 | 曾金陵（2009年9月10日 – 2013年7月31日） |
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| 行政院青年辅导委员会主任委员 | 王昱婷（2008年5月20日 – 2011年2月9日） → 李允杰（2011年2月9日 – 2012年2月6日） |
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| 行政院原子能委员会主任委员 | 蔡春鸿（2008年5月20日 – 2016年1月31日） |
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| 行政院国家科学委员会主任委员 | 李罗权（2008年5月20日 – 2012年2月6日） |
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| 行政院研究发展考核委员会主任委员 | 宋馀侠（2009年9月10日 – 2009年9月29日，副主委代理） → 朱景鹏（2009年9月30日 – 2012年7月10日） |
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| 行政院农业委员会主任委员 | 陈武雄（2008年5月20日 – 2012年2月6日） |
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| 行政院文化建设委员会主任委员 | 黄碧端（2008年5月20日 – 2009年11月16日） → 盛治仁（2009年11月16日 – 2011年11月28日﹞ → 曾志朗（2011年11月28日 –2012年2月6日） |
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| 行政院劳工委员会主任委员 | 王如玄（2008年5月20日 – 2012年9月30日） |
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| 行政院体育委员会主任委员 | 戴遐龄（2008年5月20日 – 2012年12月31日） |
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| 行政院客家委员会主任委员 | 黄玉振（2008年5月20日 –2014年7月7日 ） |
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| 行政院原住民族委员会主任委员 | 孙大川（2009年9月10日 – 2013年7月31日） |
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| 行政院金融监督管理委员会主任委员 | 陈冲（2008年11月28日 – 2010年5月17日）｜ 陈裕璋（2010年5月17日 – 2013年7月31日） |
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